Le général confédéré Thomas «Stonewall» Jackson s'empare de Harpers Ferry (Virginie actuelle) et de 12 000 soldats de l'Union alors que l'armée du général Robert E. Lee se déplace vers le nord, dans le Maryland.

La garnison fédérale à l’intérieur de Harpers Ferry était vulnérable à une attaque des Confédérés après l’invasion du Maryland par Lee en septembre. La ville stratégique sur la rivière Potomac a été coupée du reste de l'armée de l'Union. Le général George B. McClellan, commandant de l’armée du Potomac, a envoyé le général de l’Union Dixon Miles, commandant de la garnison de Harpers Ferry, pour tenir la ville à tout prix. McClellan a promis d'aider, mais il a dû faire face au reste de l'armée confédérée.

Jackson mit son artillerie en place et commença à bombarder la ville le 14 septembre. Les Yankees manquèrent de munitions et Miles opposa peu de résistance avant d’accepter de se rendre le matin du 15 septembre. Le général Julius White Jackson a négocié des conditions de reddition, un canon confédéré a continué à tirer. Miles a été mortellement blessé par le dernier coup de feu tiré sur Harpers Ferry.

Les Yankees ont rendu 73 pièces d'artillerie, 13 000 fusils et 12 000 hommes à Harpers Ferry. C’était la plus grande capitulation de la guerre par l’Union.

La chute de Harpers Ferry a convaincu Lee de modifier ses plans. Après avoir subi de lourdes pertes le 14 septembre dans le Maryland lors de la bataille de South Mountain, au nord-est de Harpers Ferry, Lee avait l'intention de rassembler ses troupes dispersées et de retourner en Virginie. Maintenant, avec Harpers Ferry en sécurité, il a invité Jackson à rejoindre le reste de ses forces autour de Sharpsburg, dans le Maryland. Deux jours plus tard, le 17 septembre, Lee et McClellan se disputèrent la bataille d'Antietam.